El proyecto que comenzó a trazarse en 1998 contemplaba la demolición completa de la vieja terminal, pero las distintas crisis gubernamentales implicaron una redefinición de la obra que mantendría parte de la vieja construcción para el desarrollo de ciertas funciones. En definitiva, el nuevo edificio contiene los estándares actuales a nivel internacional y se conecta con la parte antigua mediante un edificio de dos niveles (2000 m2) que permite la distribución de pasajeros tanto en arribos como en partidas y anula, a su vez, los desniveles existentes en la vieja terminal. Esta alberga, ahora, los preembarques en la Planta Alta y las salas de arribo en la Planta Baja, manteniendo el criterio funcional de la división de usos por niveles.

En la nueva construcción se destaca la disposición de la cubierta, configurándose como un gran paraguas que remite a formas aeronáuticas, y que fue pensado para cubrir no solo el edificio sino también el viaducto que llega al acceso de la planta alta, protegiendo del sol o la lluvia a los pasajeros que acceden en vehículos. Este gran techo parece flotar sobre la construcción, más aún cuando la separación entre el espacio cubierto y el semicubierto está dada por un cerramiento vidriado, generando una sensación de continuidad entre interior y exterior. Además, a estas grandes superficies vidriadas que enseña la obra se agrega la importante altura del cielorraso, provocando largas visuales hacia el norte, oeste y sur.

La Planta Alta aloja un área de check-in con 28 mostradores, zonas comerciales, sanitarios y restaurante, mientras que en la Planta Baja se encuentran, en el hall de arribos, una nueva sala V.I.P. con Business Center, salón de reuniones y salas de estar, y también las oficinas operativas, nuevas áreas comerciales y otro restaurante.